분석장비
1. Fluidigm
SNP Type Genotyping
SNP Type assays consist of unlabeled allele-specific primers and universal probes, making them an affordable alternative to probe-based genotyping assays. Lower price points make it possible to design and test for multiple markers and empirically choose the best. Select optimal assays designed for a variety of species using your supplied sequences. Optimized SNP Type preamplification protocols boost results from poor-quality, low-concentration or precious samples.
Biomark ™ HD 시스템은 고효율 실시간 PCR, 엔드 포인트 PCR 및 디지털 PCR을 위한 새로운 표준을 수립하며 다른 많은 기존의 PCR 시스템을 대체 할 수 있습니다. 통합 유체 회로 (IFC) 기술은 나노 리터 볼륨으로 수천 개의 반응을 준비하고 수행하므로 시간과 비용을 절약하고 피펫팅 단계를 95 % 줄입니다.
* Genotyping
* Digital PCR
2. Agena - Massarray
Mass spectrometry, coupled with end-point PCR, enables highly multiplexed reactions under universal cycling conditions to provide accurate, rapid, and cost-effective analysis. The MassARRAY System simplifies the process of implementing new testing paradigms in the laboratory. A variety of applications and sample types can be tested and analyzed using the MassARRAY System and the SpectroCHIP® Arrays.
The workflow consists of the following steps :
다양한 범위의 생물학적 시료에 대해 다양한 바이오 마커에 대해 정확하고 신속하며 비용 효율적인 분석을 제공합니다. MassARRAY 시스템의 iPLEX genotyping은 생물 의학 연구의 각 단계 내에서 유전 표적의 식별 및 우선 순위 지정을 용이하게합니다. MassARRAY 시스템은 10 ~ 1000s 샘플에 대한 선택 마커의 검증에 10 ~ 100 초의 멀티 플렉스 된 분석법을 이용하는 표적 발견에서부터 바이오 마커 검증, 약물 유전학, 암 유전학 및 응용 테스트 분야의 다양한 게놈 연구에 힘을 실어줍니다.
* Genotyping
* Epigenetic analysis (Epityper) - DNA methylation Analysis
3. Illumina - NGS
차세대 염기서열분석(Next Generation Sequencing, NGS)은 하나의 유전체를 무수히 많은 조각으로 분해하여 각 조각을 동시에 읽어낸 뒤, 전산기술을 이용하여 조합함으로써 방대한 유전체 정보를 정확하게 해독하는 방법입니다. NGS의 핵심기술은 한번에 대량의 염기서열을 생산해냄으로써 시간과 비용을 획기적으로 줄일 수 있어 임상에서 질병의 진단과 처방을 위해 사용되고 있습니다. 최근에는 미생물을 대상으로 유전체 연구가 활발히 이루어지고 있는데, NGS를 통해 분석하는 미생물 DNA의 종류는 5000종 이상으로, 일반적인 배양기법에 비해 좋습니다. MiSeq 시약은 2 천 5 백만 건의 순차 판독 및 2 × 300bp 판독 길이로 최대 15Gb의 출력을 가능하게합니다.
* 미생물이나 바이러스 유전체 시퀀싱
* 표적 유전자 염기서열 분석
* 16S metagenomic sequencing
※ Next Generation Sequencing (NGS)를 통한 microbiome 분석은 장내 미생물의 16S rRNA에 해당되는 지역의 DNA 염기서열을 분석하여 인체 내에 존재하는 장내 미생물의 종류 및 분포를 확인하는 방법이다. 16S rRNA는 RNA의 한 종류로서, 세포 내 중요 기관인 리보좀 (ribosome)의 구조를 완성시키는 주요 성분이다. 16S rRNA 는 DNA에서 전사(transcription)되어 만들어지는 것으로, 16S rRNA를 만들어내는 DNA의 염기서열(sequence)을 비교 분석하면 미생물을 동정할 수 있다. 16s rRNA에 해당하는 DNA의 염기서열은 미생물의 종류에 상관없이 상당히 보존(conserved)되어 있는 구간과, 미생물 마다 특이적으로 높은 염기서열 다양성(variable)을 보이는 구간을 갖고 있다. 이러한 이유로 보존되어 있는 부분에 primer를 디자인하여 NGS 분석을 위한 산물을 얻어낸 후, 산물 내 염기서열 다양성 부분을 Next Generation Sequencing (NGS)를 통하여 분석하면 다양한 미생물을 동정할 수 있다.
위 그림은 16sRNA를 만들어내는 DNA 부분이다. 초록색 부분은 미생물 마다 거의 동일한 염기서열을 보이는 부분이며, 회색 부분은 미생물 마다 특이적으로 다른 염기서열을 보이는 부분이다.
특히 배양이 불가능하거나 어려운 생물, 또는 보고된 적이 없는 생물의 동정 및 분류에 유용하게 사용된다. 또한, 종, 속, 과, 목, 강, 문, 계 각 단계별로도 다양성 변화를 관찰할 수 있기에 더 세부적으로 질병 관련 원인을 파악할 수 있다.
또한, NGS를 통해 얻을 수 있는 data에는 장 내 존재하는 모든 미생물에 대한 종류 및 분포 비율을 확인할 수 있다. 현재는 그 존재 가치가 알려지지 않은 미생물이 가까운 미래에 그 존재 가치가 새롭게 발견될 경우, 기존에 NGS를 통해 얻은 data에서 해당 미생물에 대한 재 분석을 할 수 있기 때문에 NGS를 통한 장내 미생물 분석의 가치는 무궁무진 하다고 할 수 있다.
이러한 재 분석 및 새로운 미생물에 대한 분석은 기존의 업체들이 실시하고 있는 PCR 검사법을 이용한 몇 몇 미생물에 대한 장내미생물 검사
로는 불가능한 일이다. 특히 기존 PCR 방법은 몇 몇 (5~6개 내외) 미생물만 target하여 분석하기 때문에 이들 미생물을 제외한 다른 미생물의 존재를 전혀 알 수 없고, 특히 target하고 있는 미생물이 전체 장내 미생물에서 얼마나 비중을 차지하는지도 파악할 수 없다. 예를 들면 단지 5~6개 target 미생물들 사이의 비율은 확인 할 수 있지만 이들 미생물들이 전체 장내 미생물에서 20%를 차지하는지, 0.02%를 차지하는지는 전혀 파악할 수 없다. 이러한 분석은 NGS를 이용한 분석만이 가능하다.